840. urtean Kordobako San Eulogio Nafarroa eta Aragoiko Pirinioetako bailaretako monasterioetan ibili zen, eta hangoen maila kultural eta espiritual bikaina nabarmendu zuen. Hurrengo mendean, Errioxa berreskuratu ondoren, asko suspertu zen lurralde horietako monasterioetako bizitza.

Iruñeko errege-erreginek monasterioetako bizitza bultzatu zuten, eta tradizio bisigotiko-mozarabiarrean errotutako monasterioen artean hauek nabarmendu ziren: Albeldako San Martin, San Kosme, San Damian eta, batez ere, Donemiliaga Kukullako monasterioa. Azkena kultur gune garrantzitsua izan zen, hangoa baita 992an idatzitako Donemiliagako kodizea, hau da, Gaztelako erromantzean eta euskaraz idatzitako lehen hitzak biltzen dituen testua.

XI. mendeko azken laurdenean erritu bisigotiko-mozarabiarra baztertu eta erromatarra nagusitu zen haren ordez. Politika erreformatzailearen oinarriak sustatzeko, Nafarroako errege erreginek zenbait erlijioso ekarri zituzten Frantziatik, Clunyko Ordenakoak bereziki. Leire eta Iratxe Clunytik iritsitako elizaren erreformaren ardatz bihurtu ziren.

XII. eta XIII. mendeetan monasterio-ordena berriak sortu zituzten. Claravalko San Bernardoren Cisterko Ordena izan zen lehenbizikoa. Ordena hark ordura arteko monasterioen antolaketa klunitarra aldatu eta beneditar arauak zorrotzago betetzeko agindu zuen. Cisterko Ordena Fiteron (1140) hasi zen zabaltzen, eta Oliba (1149-50) eta Irantzun (1176) jarraitu zuen.

Araba, Gipuzkoa eta Bizkaian ez zuten monasterio handirik egin, bai ordea txikiagoak edo lurralde horietatik kanpo zeuden monasterioen mendeko dekanotzak, hala nola, Oña, Naiara, Donemiliaga Kukulla, Leire eta Haitzeko San Joan monasterioen mendekoak, X., XI. eta XII. mendeetan zehar lurraldeotan barrena zabaldu baitzen monasterio horien eragina.

XIII. mende hasieran, berriz, frantziskotarren eta domingotarren eskeko ordenak sortu zituzten. Ordena horiek nolabaiteko bizitasun demografiko eta ekonomikoa zuten hiriguneetan finkatu ziren, borondatezko pobrezia espiritu materialista burgesari aurre egiteko bidea zela esan baitzuen San Frantzisko Xabierkoak eta Santo Domingok, berriz, hiriguneetan sortzen ziren mugimendu heretikoei aurre egiteko prestakuntza intelektuala behar zela. Frantziskotarrak Gasteiz, Iruñea, Bermeo, Lizarra, Erriberri, Zangoza, Tutera eta Baionan finkatu ziren eta domingotarrak, aldiz, Gasteiz, Lizarra, Zangoza eta Tuteran.